Les Papiers Amiel sont groupés essentiellement en deux lots, soumis à des conditions différentes :

1) Le Fonds Amiel comprend le Journal Intime et la correspondance d'Amiel, les cours académiques suivis et professés par Amiel ainsi que divers ouvrages littéraires inédits. - Cotes Ms. fr. 3001 à 3130 - Catalogue IX.

2) Les Archives Amiel comprennent de nombreuses copies manuscrites et dactylographiées de la correspondance d'Amiel mais surtout des copies de son Journal pour servir aux diverses publications du "Journal Intime" (publications par Edmond Scherer, Bernard Bouvier, Léon Bopp). Cotes Arch.Amiel 01 à Arch.Amiel 75
A ces copies dactylographiées, s'ajoutent les Papiers de Charles Heim qui avaient été conservés par Amiel lui-même.
Les Archives Amiel sont formées aussi des papiers de Bernard Bouvier, soit la correspondance reçue concernant Amiel et les nombreux articles et conférences qu'il écrivit et prononça en souvenir d'Amiel.
Bernard Bouvier réunit aussi une importante collection de photographies représentant Amiel, sa famille et ses amis.
Remis en don à la Bibliothèque par MM. Auguste et André Bouvier le 29 septembre 1943, ces documents sont désormais réunis sous la cote "Arch. Amiel".
Le solde des Papiers Amiel entra à la Bibliothèque par l'intermédiaire de Mlle Annie Muriset et figurent sous les cotes: Ms. fr. 1498 - 1502. - Enfin divers documents annexes sont regroupés sous les cotes Ms. fr. 1503 et 1504.

3) Acquisition du fonds des Archives culturelles romandes Par l'intermédiaire de M. Jean-Daniel Candaux, les Archives culturelles romandes ont cédé, en juillet 2002, les archives qu'elles avaient acquises deux décennies auparavant chez Annie Muriset. Dans ce lot figurent plus particulièrement des lettres adressées à Laure Stroehlin née Amiel par sa famille et ses amis, ainsi que près de 450 lettres de Laure à son frère Henri-Frédéric.

4) Acquisition du fonds Susanne Behrendt de Berlin En mars 2002 la conservatrice des manuscrits de la BPU, Barbara Roth, eut la surprise de recevoir une lettre de Berlin, dont l'auteur, Madame Susanne Behrendt, annonçait qu'elle était la propriétaire d'un Nachlass (d'un fonds d'archives) Amiel, et qu'elle souhaitait que celui-ci trouvât refuge dans la ville d'origine de l'écrivain. Le résultat fut l'acquisition d'un nouvel ensemble de documents inédits, conservés pour grande partie dans leur classement d'origine, en petits paquets entourés de rubans et munis d'étiquettes de la main d'Amiel ou d'un membre de sa famille et dont Henri-Frédéric Amiel parle dans son journal
le 18 septembre 1879 (XII-130)